Las pruebas que apoyan esta teoría son:
- Las mitocondrias y los cloroplastos poseen su propio material genético, un cromosoma circular, y ribosomas, semejantes a los procariotas.
- Las mitocondrias y los cloroplastos son capaces de realizar la expresión génica y la síntesis proteica a una escala limitada.
- Las mitocondrias y los cloroplastos tienen doble membrana, una seria de la procariota antecesor y la otra de la vesícula de fagocitosis que la introdujo en la célula eucariota primitiva.
- Las mitocondrias y los cloroplastos pueden ser destruidos por antibióticos que matan bacterias pero no células eucariotas.

